Для ручного добавления LetsEncrypt SSL сертификата в панель управления ISPmanager 5 нужно получит его на сайте — https://punchsalad.com/ssl-certificate-generator/ .

Далее скачиваем файл для верификации, заливаем его на хостинге в папку :

/usr/local/mgr5/www/letsencrypt/

И нажимаем верификацию, после прохождения верификации получаем сам SSL сертификат и ключ.

В ISPmanager добавляем сертификат существующий, выбираем пользователя и заполняем поля сертификата, ключа и цепочки (сертификат + ключ) и все, сохраняем!

В настройках сайта выбираем созданный сертификат и пользуемся, не забудьте что он закончится через 90 дней.

Рекомендую настроить автоматическую выдачу сертификата в панельке, иначе постоянно будете забывать о том, что нужно обновить его.